病原燕麦冠锈病菌为Puccinia coronata f.sp.avenae Eriess称禾冠柄锈菌燕麦专化型；秆锈病菌为Puccinia graminis Pers. var. avenae Eriks. et E.Henn.称禾柄锈菌燕麦变种。均属担子菌亚门真菌。禾冠柄锈菌能侵染多种禾本科植物，且寄生性差异明显。据此，有关专家把它分做10个变种，其中侵染燕麦的为P.coronata. f. sp. avenae Erikss称禾冠柄锈菌燕麦专化型。性孢子生于鼠李属植物的叶面，锈孢子器生于叶背，夏孢子堆生于燕麦叶背，椭圆形至长条形，大小1.2—2.0×0.8—1.2(mm)。夏孢子浅黄色，球形或近球形，大小18.8—25×15—21.3(μm)，壁外具细刺，无侧丝。冬孢子堆生在叶背，椭圆形，大小0.6—1.1mm，包被不破裂。冬孢子深褐色，双细胞，棍棒状，大小33—62×14—25(μm)，顶端具指状突起3—7个，状似皇冠，因此称为冠锈病。禾柄锈菌 把寄生在燕麦、鸭茅等少数禾草上的秆锈菌定名为P.graminis Pers. var. avenae Eriks. et E.Henn.称为禾柄锈菌燕麦变种或燕麦秆锈菌。性孢子器生于小檗叶的两面，锈孢子器生在隆起的、橙黄色斑点的背面，夏孢子堆生在燕麦秆、叶或叶鞘上，长椭圆形，夏孢子球形至椭圆形，有细刺，浅褐色，大小18—40×15—25(μm)，具芽孔4个。冬孢子堆黑色，椭圆形；冬孢子双胞，棍棒状，顶部隆起或近圆形，大小28—64×14—24(μm)。